#NEXUS

[File saved Tue Nov 23 16:08:48 2004]

BEGIN TAXA;
	TITLE  HSP_DnaK;
	DIMENSIONS NTAX = 10;
	TAXLABELS
		YAL005C
		YLL024C
		YBL075C
		YER103W
		YJL034W
		YDL229W
		YNL209W
		YLR369W
		YEL030W
		YJR045C
		;
ENDBLOCK;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Cell_Cycle_CDC15;
	DIMENSIONS NCHAR=22;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -0.43 -0.9 -0.2 0 1.16 -1.28 0.94 -0.82 1.43 -1.05 0.82 -0.82 0.96 -0.65 1.36 0.66 -0.3 0.92 0.44 -0.81 -0.16 -0.09
YLR369W -0.09 0.17 0.15 -0.22 -0.14 0.38 -0.43 0.42 -0.63 0.46 -0.46 0.5 -0.14 -0.06 0.46 -0.14 -0.34 0.12 -0.21 0.3 -0.18 0.21
YDL229W -0.08 -0.17 0.18 0.11 0.3 -0.41 0.25 -0.2 -0.1 0.11 0.59 -0.06 -0.45 -0.02 0.26 -0.21 -0.39 0.4 0 -0.31 -0.05 -0.14
YJL034W 0.04 -1.04 0.4 0 0.06 -0.24 -0.14 0 0.2 0.56 -0.28 0.44 0 0.18 -0.1 0.46 0.02 0 0.33 0.15 -0.15 0.08
YEL030W -0.68 -0.78 0.11 0.8 0.03 0.06 0.66 -0.69 0.59 -0.45 -0.03 0.11 0.05 -0.03 1.22 -0.37 -0.3 0.75 -0.05 -0.61 -0.07 0.13
YLL024C -0.1 -1 -0.27 -0.15 0.53 -0.53 0.64 -0.49 0.93 -0.55 0.3 -0.09 0.26 -0.08 0.5 1.41 0 0.45 -0.47 0.38 -0.15 0
YJR045C -0.69 -0.6 0.27 0.78 -0.7 0.94 -0.76 0.84 -0.53 0.66 -0.66 0.66 -0.55 0.46 -0.12 0.19 0.68 -0.53 -0.01 0.74 -0.24 0.07
YBL075C -0.08 -0.48 -0.39 0.73 -0.93 1.23 -0.74 0.51 -0.46 0.53 -0.75 0.91 -0.69 0 0.31 0.38 0.23 0.65 -0.5 0.45 0.13 0.19
YNL209W -0.48 0.39 0.14 0.35 -0.34 0.47 0.14 -0.32 -0.05 0.02 -0.07 -0.05 -0.2 0.15 -0.07 -0.2 -0.16 0.85 -1.11 0.1 -0.08 -0.05
YER103W 0.08 -0.71 -0.43 0.81 -0.61 0.61 -0.55 0.28 -0.22 0.31 -0.49 0.24 -0.18 0.48 0.13 -0.22 1.6 -0.3 -0.26 0.98 -0.2 0.15
;

END;

BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Cell_Cycle_Alpha;
	DIMENSIONS NCHAR=16;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -0.05 -0.42 0.41 0.17 -0.18 0.32 0.21 -0.34 0.37 -0.91 0.7 -0.58 0.12 -0.12 0.06 0.46 
YLR369W 0.18 -0.19 -0.17 0.36 -0.26 0.24 -0.17 0.04 0.02 -0.06 0.13 -0.01 -0.42 0.2 0.3 -0.13 
YDL229W -0.35 0.34 0.15 -0.41 0.16 -0.36 0.33 0.33 -0.38 0.75 -0.53 -0.06 0.1 0 -0.23 0.4 
YJL034W 0.08 0.12 0.07 0.3 -0.21 0.2 -0.57 -0.06 -0.39 0.27 -0.09 0.25 -0.27 0.66 -0.41 -0.5 
YEL030W -0.34 0.32 0.17 -0.37 0.75 -0.59 0.33 -0.11 0.15 -0.34 -0.06 -0.16 0.12 -0.08 0.08 0.13 
YLL024C -0.02 -0.02 0.22 0.14 -0.12 -0.03 0 0.11 -0.48 0.47 -0.41 -0.12 0.03 0.37 -0.68 0.28 
YJR045C -0.08 0.04 0.08 0.43 -0.32 0.33 -0.44 0.08 0.09 -0.28 0.06 -0.29 0.05 0.2 0.07 -0.27 
YBL075C -0.1 0.26 0.1 0.04 -0.12 0.19 -0.44 0.37 -0.18 -0.3 0.22 -0.33 0.11 0.09 -0.12 0.16 
YNL209W 0.28 -0.41 0.13 0.05 -0.09 -0.02 -0.01 0.14 -0.3 0.49 -0.36 0.16 -0.22 0.54 -0.37 -0.18 
YER103W 0.19 -0.08 0.2 0.06 -0.16 0.17 -0.41 0.14 -0.11 -0.2 0.06 -0.08 -0.07 0.09 -0.05 0.05  ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Cell_Cycle_CDC28;
	DIMENSIONS NCHAR=12;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 1.55 0.03 -0.24 -1.33 0.52 -1.33 0.64 -0.45 -0.29 0.83 -0.89 0.69 
YLR369W 0.48 -0.41 0.09 -0.32 -0.35 0.06 0.73 -0.27 0.54 -0.75 0.26 0.03 
YDL229W -0.44 0.29 0.35 -0.59 0.49 -0.91 0.88 -0.57 -0.39 1.71 -0.38 0.22 
YJL034W 0.75 -0.24 -0.22 -0.27 -0.16 0.18 -0.27 -0.35 0.2 0.65 -0.18 -0.14 
YEL030W 0.73 -0.13 -0.4 0.4 -0.23 -0.37 0.25 0.09 -0.6 0.12 -0.47 0.21 
YLL024C 1.1 -0.6 0.18 -0.66 0.08 -0.57 -0.22 -0.08 -0.1 0.93 -1.07 1.39 
YJR045C 0.12 -0.36 0.11 -0.21 0.37 -0.13 0.01 0.1 -0.08 0.33 -0.1 -0.24 
YBL075C 0.54 -0.88 0.76 -0.86 0.72 -0.75 1 -0.61 0.5 -1.39 1.31 -0.29 
YNL209W -0.27 0.57 0.12 -0.4 -0.22 -0.27 0.19 -0.01 0.01 1.14 -0.72 -0.49 
YER103W 2.1 -1.28 -0.28 0.18 -0.93 -0.36 0 0.52 -0.46 0.16 0.14 0.3 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Cell_Cycle_elu;
	DIMENSIONS NCHAR=13;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -0.09 0.07 0.27 -0.7 -0.38 0.57 0.1 0.46 -0.09 -0.64 0.64 0.39 0.05 
YLR369W 0.34 -0.51 -0.23 0.13 -0.04 0.27 -0.05 0.38 0.05 -0.41 0.49 -0.11 -0.33 
YDL229W -0.55 0.47 0.38 -0.63 0.25 0.05 0.41 -0.28 0 -0.38 0.42 0.17 -0.18 
YJL034W 0.81 -1.13 0.05 0.05 -0.1 0.45 -0.14 0.19 -0.18 -0.22 0.64 -0.29 -0.2 
YEL030W -0.1 -0.06 -0.09 0.25 -0.15 0.22 0.05 0.12 -0.05 -0.01 -0.21 0.18 0.03 
YLL024C 0.23 -0.44 0.33 -0.4 -0.42 0.15 0.44 0.42 -0.29 -0.5 0.68 0.54 -0.32 
YJR045C -0.53 0.49 -0.33 -0.12 0.03 0.2 0.84 -0.01 -0.05 -0.71 0.65 0.02 -0.19 
YBL075C 0.39 -0.57 0.14 -0.21 -0.44 0.05 0.26 0.79 -0.08 -0.95 0.85 0.69 -0.31 
YNL209W -1.15 0.43 0.73 0.42 -0.15 -0.07 0.17 0.05 -0.07 -0.54 0.63 -0.72 0.34 
YER103W 1.01 -0.96 0.22 -0.5 -0.43 -0.19 0.6 0.35 -0.16 -0.22 0.21 0.47 -0.04 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Diamide;
	DIMENSIONS NCHAR=8;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.86 0.33 0.39 -0.65 0.07 -0.15 0.39 -0.18 
YLR369W -0.04 0.27 0.33 0.07 0.1 -0.14 -0.19 -0.08 
YDL229W 0.21 -0.07 0.13 -0.23 -0.14 -0.07 -0.11 -0.11 
YJL034W 0.71 0.56 0.39 -0.09 0.34 0.06 0.63 -0.19 
YEL030W 0.6 -0.35 0.45 0 0.08 -0.22 -0.05 -0.09 
YLL024C 0.9 0.41 0.03 -0.57 0.16 -0.05 0.24 0.02 
YJR045C 1.02 0.21 0.37 -0.2 0.04 -0.51 0.11 -0.17 
YBL075C 0.73 0.53 0.48 -0.32 -0.04 -0.21 0.16 -0.01 
YNL209W 0.38 -0.3 -0.72 -0.48 -0.03 0.29 0.48 0.02 
YER103W 0.98 1.3 0.72 -0.74 -0.22 -0.34 0.74 -0.36 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Diauxic_Shift;
	DIMENSIONS NCHAR=7;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.12 -0.06 -0.02 -0.05 -0.11 0.13 -0.16 
YLR369W -0.03 0.03 0.08 -0.26 0.12 0.71 0.11 
YDL229W 0.06 0.17 -0.11 -0.18 0.35 -0.06 0.41 
YJL034W 0.38 0 -0.31 -0.11 0.11 0.48 -0.05 
YEL030W -0.38 0.29 0.35 -0.38 -0.48 0.97 -0.04 
YLL024C 0.23 -0.16 -0.37 -0.12 -0.07 0.24 -0.56 
YJR045C 0.25 -0.02 -0.45 0.21 0.05 0.64 -0.27 
YBL075C 0.08 -0.22 0.17 -0.07 0.07 1.26 0.15 
YNL209W 0.04 0.04 0.03 -0.15 -0.02 -0.88 -0.95 
YER103W 0.18 -0.11 -0.03 -0.21 0.21 0.94 -0.43 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Carbon_Change;
	DIMENSIONS NCHAR=3;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 1.21 0.6 0.12 
YLR369W -0.03 0.14 -0.1 
YDL229W -0.44 -0.4 0.08 
YJL034W 1.38 0.79 0.2 
YEL030W 0.58 0.08 0.16 
YLL024C 1.37 0.95 0.23 
YJR045C 0.86 0.52 0.34 
YBL075C 0.03 -0.07 -0.18 
YNL209W 1.15 0.46 0.14 
YER103W 0.12 0.12 0.06 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  DTT2;
	DIMENSIONS NCHAR=6;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.62 -0.1 0.18 -0.92 0.66 -1.04 
YLR369W -0.23 0.3 0.37 0.06 0.01 -0.73 
YDL229W 0.22 -0.54 0.19 -0.34 0.01 0.33 
YJL034W -0.34 0.73 0.09 0.4 -0.02 -1.83 
YEL030W -0.4 0 0.17 0.09 0.3 -0.34 
YLL024C 0.11 0.45 -0.06 -0.9 0.1 -0.44 
YJR045C 0.06 0.14 0.66 -0.45 -0.44 -0.14 
YBL075C 0.08 0 -0.07 0.05 0.3 -0.21 
YNL209W 0.79 -0.11 -0.27 -1.1 -0.82 2.12 
YER103W -0.1 -0.2 0.37 -0.27 0.68 -0.44 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  H2O2;
	DIMENSIONS NCHAR=3;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.25 0.52 -1.35 
YLR369W 0.73 0.44 -1.35 
YDL229W -0.01 -0.29 -0.32 
YJL034W 0.74 -0.16 -1.18 
YEL030W 0.03 0.07 -0.07 
YLL024C 0.37 -0.37 -1.25 
YJR045C 1.01 0.03 -1.42 
YBL075C -0.2 1.02 -1.18 
YNL209W -1.22 -0.29 0.95 
YER103W 2.25 0.67 -3.54 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Heat1;
	DIMENSIONS NCHAR=2;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 3.34 -3.34 
YLR369W -0.03 0.77 
YDL229W -0.07 -0.02 
YJL034W 1.88 -0.76 
YEL030W 0.48 -0.36 
YLL024C 1.51 -0.33 
YJR045C 0.81 0.42 
YBL075C 2.93 0.74 
YNL209W -1.69 -1.49 
YER103W 5.86 -0.72 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Heat2;
	DIMENSIONS NCHAR=7;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -1 0.53 -0.19 0.63 1.44 -0.61 -0.8 
YLR369W -0.01 -0.24 -0.35 0.26 0.84 -0.34 -0.23 
YDL229W 0.41 -0.57 -0.24 -0.01 0.09 0.27 0.12 
YJL034W -1.15 0.15 -0.15 1.11 1.35 -1.2 -0.17 
YEL030W -0.76 0.47 0.54 -0.04 0.37 0.07 -0.71 
YLL024C -0.79 0.21 0.28 0.23 1.52 -1.21 -0.56 
YJR045C -0.67 0.49 -0.02 0.16 1.05 -0.48 -0.57 
YBL075C -3.18 0.62 -0.23 1.54 2.77 -0.34 -3.12 
YNL209W 1.11 -0.07 0.32 -0.76 -2.6 0.06 1.85 
YER103W -5.06 -0.58 0 5.06 2.8 -1.51 -4.55 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Menadione;
	DIMENSIONS NCHAR=7;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -0.01 0.26 -0.96 0.22 0.06 0.43 -1.06 
YLR369W 0.25 0.41 0.08 -0.11 -0.17 0.16 -0.16 
YDL229W 0.14 0.43 -0.78 0.38 -0.07 -0.36 0.49 
YJL034W 0.3 0.03 -2.64 2.3 0.4 0.12 -0.41 
YEL030W -0.03 -0.11 0.11 0.19 -0.48 -0.06 -0.31 
YLL024C -0.32 -0.6 0.3 0.19 -0.66 -0.27 0.3 
YJR045C -0.09 -0.16 0.48 -0.3 -0.1 -0.54 0.41 
YBL075C -0.06 0.06 0.23 -0.2 -0.15 0.2 -0.53 
YNL209W 0.3 0.09 -0.28 -0.2 0.1 0.36 -0.75 
YER103W -0.14 -0.06 0.13 0.27 -0.49 0.36 -0.74 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Nitrogen_Deletion;
	DIMENSIONS NCHAR=10;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C -0.81 0.07 -0.62 0.39 0.03 0.08 -0.7 -0.33 0 0.83 
YLR369W 0.15 0.53 -0.64 -0.04 0.21 0.1 -0.4 0.13 0.15 0.13 
YDL229W -0.36 0.32 -0.21 0.32 -0.74 0.39 -0.38 0.38 -0.14 0.12 
YJL034W -1.06 0.17 -0.2 0.49 -0.96 0.41 0.18 -0.09 -0.26 -0.08 
YEL030W -0.04 -0.45 -0.02 0.04 -0.37 0.62 1.27 -0.9 0.26 0.2 
YLL024C -1.06 -0.12 -0.56 0.38 -0.2 0.24 0.26 -0.34 -0.24 0.21 
YJR045C -0.29 -0.18 -0.45 0.23 -0.6 0.04 0.65 -0.11 -0.1 -0.08 
YBL075C 0.12 -0.55 -0.21 0 0.58 1.77 1.08 -0.74 0.11 0.9 
YNL209W -1.84 -0.72 1 1.09 -2.59 0.32 0.27 -0.27 -0.1 0.1 
YER103W 0.1 -0.57 -0.47 0.02 1.49 0.5 0.6 -0.66 -0.02 0.34 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Sorbitol;
	DIMENSIONS NCHAR=7;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.49 -0.23 -0.08 0.12 -0.39 -0.33 0.47 
YLR369W -0.22 0.61 0.1 -0.39 -0.14 -0.21 0.37 
YDL229W 0.03 -0.08 -0.05 -0.01 0.07 0.09 -0.15 
YJL034W 0.04 -0.38 0.37 0.27 -0.57 -0.22 0.65 
YEL030W 0.19 0.11 -0.16 -0.26 0.27 -0.37 0.15 
YLL024C -0.17 0.27 -0.3 0.46 -0.36 -0.71 0.32 
YJR045C 0.29 -0.36 0.41 -0.2 -0.41 -0.11 1.13 
YBL075C 0.65 1.01 -0.14 -0.94 -0.53 -0.13 -0.1 
YNL209W -0.12 -1.03 -0.17 1.05 0.42 -0.08 -0.19 
YER103W 1.01 1.79 -0.36 -1.45 -1.11 -0.35 0.65 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  YPD;
	DIMENSIONS NCHAR=6;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.03 -0.89 1.12 -0.26 -0.25 0.19 
YLR369W 0.38 -0.28 0.21 0.09 0.44 1.93 
YDL229W -0.69 0.57 -0.25 -0.12 0.7 -0.62 
YJL034W -1.22 0.13 0.03 0.48 -0.6 -1 
YEL030W 0.5 1.26 0.92 -0.38 0.33 -1.05 
YLL024C -2.25 -0.22 0.63 0.48 -0.82 -1.14 
YJR045C 0.45 -0.57 -0.77 1.17 0.02 -0.59 
YBL075C 0.64 1.15 0.83 0.4 -0.42 -0.33 
YNL209W -3.32 -0.32 0.58 -0.12 -0.46 -0.42 
YER103W 1.12 0.18 0.86 -0.34 -0.97 0.57 ;

END;
BEGIN CHARACTERS;
	TITLE  Zinc;
	DIMENSIONS NCHAR=9;
	FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS;
	MATRIX
	YAL005C 0.44 0.06 -0.25 0.18 0.27 -0.19 -0.27 0.19 -0.66 
YLR369W -0.23 0.26 0.45 -0.38 0.16 0.54 -0.31 -0.23 -0.02 
YDL229W -0.44 0.32 0.48 -0.08 -0.07 -1.04 0.59 -0.95 0.93 
YJL034W 0.11 0.23 -1.63 0.48 1.38 -1.51 -0.28 2.45 -1.24 
YEL030W 0.21 -0.22 0.35 0 -0.48 0.54 -0.41 -0.63 0.13 
YLL024C 0.32 0.27 -0.23 0.53 0.07 -0.42 -0.14 0.12 -0.4 
YJR045C 0.38 -0.01 0.32 0.43 -0.67 0.52 -0.44 -0.07 -0.46 
YBL075C -0.06 0.87 -2.37 1.12 1.88 -3.04 0.64 -0.16 0.97 
YNL209W 0.48 0.19 0.79 0.6 -1.86 1.81 -0.77 -0.29 -1.04 
YER103W 0.48 0.63 -2.23 0.78 2.39 -3.17 1.43 -0.35 0.57
;

END;

BEGIN TREES;
	TRANSLATE
		1	YAL005C,
		2	YLL024C,
		3	YBL075C,
		4	YER103W,
		5	YJL034W,
		6	YDL229W,
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		10	YJR045C
		;
	UTREE * PHYLIP_1= (((5:0.361574,((1:0.019344,2:0.019344):0.208709,(3:0.156681,4:0.156681):0.071372):0.133521):0.045845,(6:0.013611,7:0.013611):0.393808):0.350016,(8:0.610568,(9:0.185367,10:0.185367):0.425202):0.146866);
ENDBLOCK;