#NEXUS [written Thu Nov 25 19:12:15 PST 2004 by Mesquite version 1.05 (build g24)] BEGIN TAXA; TITLE Hexose_Transport; DIMENSIONS NTAX=18; TAXLABELS YDL245C YJR158W YNR072W YEL069C YHR094C YDR345C YHR092C YDR343C YDR342C YHR096C YJL214W YLR081W YIL170W YJL219W YOL156W YFL011W YMR011W YNL318C ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Cell_Cycle_CDC15; DIMENSIONS NCHAR=14; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C -0.09 -0.32 0.89 -0.85 0.65 -0.2 0.34 -0.45 -0.66 1.24 0.06 0.12 -1.73 0.74 YJR158W -0.1 -0.15 0.5 -0.51 -0.09 0.18 -0.35 0.5 -0.2 0.75 0.19 0.1 -1.08 0.04 YNR072W 0.24 -0.28 -0.04 0.06 -0.14 0.23 -0.13 0.44 -0.29 0.12 -0.23 0.0 -0.24 -0.47 YEL069C 0.12 -0.56 0.75 -0.35 0.02 0.17 -0.1 -0.21 0.02 0.34 -0.14 0.23 -0.39 0.08 YHR094C 1.16 -1.22 -0.48 -0.15 0.67 -0.14 0.47 0.4 -1.69 1.59 -0.86 1.03 -1.64 0.46 YDR345C 0.12 0.27 0.36 -0.65 0.67 -0.37 -0.23 -0.54 0.42 0.43 -1.45 0.96 -0.69 -0.33 YHR092C -0.45 0.26 -0.14 0.17 0.62 -0.21 -0.08 -0.69 0.7 1.03 -1.72 1.26 -0.56 -0.19 YDR343C -0.79 0.9 0.15 0.03 0.48 -0.09 -0.43 -2.32 1.86 1.02 -1.03 1.16 -0.37 -0.35 YDR342C -0.64 0.55 -0.05 0.09 0.76 -0.23 -0.21 -0.82 0.4 0.68 -0.93 1.59 -0.94 -0.2 YHR096C 0.57 -1.31 1.12 -1.43 2.26 -1.33 0.88 -1.0 -0.44 1.98 -1.22 0.59 -1.46 -0.24 YJL214W 0.27 -1.07 1.55 -1.61 1.67 -0.98 0.99 -1.35 -0.2 2.5 -1.28 0.71 -1.9 -0.07 YLR081W 0.53 -0.92 0.87 -0.88 1.21 -0.24 -0.14 -0.69 -0.1 1.3 -1.03 1.1 -4.31 3.02 YIL170W 0.46 -0.89 0.9 -1.01 1.04 -1.07 1.25 -1.09 0.05 1.04 -0.66 1.04 -1.54 0.18 YJL219W 0.56 -1.15 0.97 -1.94 3.68 -2.07 0.86 -1.51 0.07 1.29 -0.85 0.69 -0.67 -0.21 YOL156W 0.72 -0.31 -0.6 -0.21 1.09 -0.61 0.64 -1.32 0.26 0.73 -0.88 1.05 -0.6 0.09 YFL011W -0.27 -0.63 1.43 -1.62 2.95 -1.82 1.01 -1.41 -0.5 2.37 -1.89 1.32 -1.91 -0.17 YMR011W 1.04 -2.12 0.09 0.28 1.96 0.14 -0.4 -1.93 0.97 0.55 -1.27 1.08 -0.58 -0.38 YNL318C 0.2 -0.58 0.43 -1.07 1.51 -0.84 0.74 -0.22 -0.86 1.62 -0.71 0.64 -1.81 1.02 ; 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END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Zinc; DIMENSIONS NCHAR=9; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C -0.43 0.68 -1.76 0.51 1.58 -1.76 -0.22 1.8 -0.87 YJR158W 0.39 0.27 -2.17 0.11 1.86 -1.71 -0.75 2.41 -1.5 YNR072W 0.4 -0.6 -0.66 0.0 1.58 -1.66 -0.18 0.82 -0.19 YEL069C 0.28 -0.2 -1.48 0.73 1.22 -1.7 -0.49 2.35 -1.27 YHR094C 0.38 0.61 -1.28 1.21 0.49 -1.09 0.29 0.82 -1.79 YDR345C 0.21 0.69 -1.35 0.98 1.91 -2.54 1.18 0.14 -1.62 YHR092C -0.25 0.13 0.11 -0.36 1.56 -1.29 0.74 -2.08 0.55 YDR343C -0.28 0.79 -1.26 0.62 3.04 -3.87 2.47 -1.01 -1.16 YDR342C 0.25 0.43 -1.8 1.19 3.03 -4.02 2.02 -0.9 -0.69 YHR096C -0.09 0.85 -3.4 0.58 3.66 -4.24 1.55 1.79 -0.04 YJL214W -0.15 0.03 -0.85 0.7 1.69 -1.98 1.18 -1.87 0.13 YLR081W 0.25 0.11 -0.96 0.7 1.84 -2.5 1.45 -1.21 -0.35 YIL170W -0.15 -0.54 -0.71 0.91 1.13 -2.24 0.68 0.72 -0.54 YJL219W -0.4 0.66 -1.51 0.87 1.76 -2.94 1.14 0.41 -0.44 YOL156W 0.0 0.49 -1.85 1.14 1.36 -2.39 0.8 -1.24 1.24 YFL011W -0.3 -0.15 -0.8 0.95 2.29 -3.88 2.45 -2.12 0.56 YMR011W 0.42 -0.46 -0.6 0.67 1.96 -3.63 1.98 -0.76 -1.32 YNL318C -0.12 -0.5 1.03 -0.41 -0.3 -0.82 0.72 -0.75 0.75 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Carbon_Change; DIMENSIONS NCHAR=6; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C 0.28 0.15 -0.71 -0.84 0.24 -0.1 YJR158W 0.71 0.45 0.1 -0.18 0.44 -0.03 YNR072W 0.64 -0.64 -0.06 0.44 0.46 0.2 YEL069C 0.93 0.48 -0.58 -0.17 0.32 -0.15 YHR094C -2.12 -2.4 2.17 -1.06 -0.86 -0.89 YDR345C -1.32 -1.36 1.21 -0.23 0.56 -0.42 YHR092C -1.0 -2.88 -1.0 0.98 0.4 -0.83 YDR343C -0.25 -0.41 -3.12 0.69 2.02 -0.82 YDR342C 0.29 -0.25 -2.4 0.54 2.15 -0.36 YHR096C 2.2 -0.94 -1.15 -1.43 -1.03 -1.69 YJL214W -0.34 -0.56 -0.54 -0.03 -0.4 -0.07 YLR081W -6.64 3.13 -6.64 -6.64 -6.64 -5.64 YIL170W -0.04 -0.86 -0.25 -0.36 -1.18 0.04 YJL219W 0.0 -1.56 0.14 -0.1 -0.49 -0.84 YOL156W -0.32 -1.36 -0.77 0.07 0.33 -0.88 YFL011W 0.19 0.56 -1.79 -1.56 0.51 -1.15 YMR011W -5.64 -2.94 -0.15 1.21 -0.04 1.94 YNL318C -0.74 -1.09 -1.6 -1.25 -0.89 -1.69 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Amino_Acid_Starvation; DIMENSIONS NCHAR=5; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C 0.41 0.78 -1.29 0.1 0.03 YJR158W 1.21 -0.68 -0.09 -0.3 0.2 YNR072W 1.31 -0.48 0.08 -0.46 -0.19 YEL069C 0.06 0.28 -0.22 -0.68 0.33 YHR094C -2.12 1.31 0.8 0.07 -0.2 YDR345C -0.94 0.49 0.68 0.32 -0.12 YHR092C 0.22 0.37 0.16 -1.23 0.86 YDR343C 1.0 -0.57 -0.18 0.16 -0.14 YDR342C 1.49 -1.05 -0.25 0.59 -0.38 YHR096C 2.24 -0.12 -1.29 0.75 0.0 YJL214W 0.89 -0.89 0.08 -0.75 0.63 YLR081W -0.18 0.26 0.12 -0.37 -0.25 YIL170W 0.74 -0.96 -0.32 0.07 2.07 YJL219W 0.36 -0.28 -0.31 0.08 1.76 YOL156W 1.21 -1.35 -0.43 0.27 2.1 YFL011W 0.23 -0.23 -0.36 0.18 -0.33 YMR011W 0.34 0.43 -0.24 -1.62 -0.8 YNL318C 0.01 -0.68 0.37 -0.32 -0.07 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Diauxic_Shift; DIMENSIONS NCHAR=6; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C -0.2 0.5 -0.29 -0.48 1.5 0.05 YJR158W -0.07 0.38 -0.45 -0.22 1.35 -0.5 YNR072W -0.18 -0.02 -0.09 -0.07 1.11 -0.55 YEL069C -0.2 0.59 -0.57 0.12 0.89 0.04 YHR094C 0.63 0.05 -0.6 -0.28 0.41 -0.44 YDR345C 0.73 0.35 -0.5 -0.02 0.18 -0.18 YHR092C 0.3 0.43 0.47 -0.01 0.6 -0.85 YDR343C 0.77 0.51 0.64 -0.42 0.68 0.49 YDR342C 0.43 0.52 0.57 0.14 0.64 -0.7 YHR096C -0.04 0.7 -0.34 -0.64 1.74 1.61 YJL214W 0.14 0.17 0.19 -0.5 0.34 -0.15 YLR081W 0.1 0.11 0.36 0.02 0.84 -0.58 YIL170W -0.56 0.68 -0.7 -0.11 1.1 -0.09 YJL219W -0.1 0.04 0.0 -0.04 0.82 -0.44 YOL156W 0.06 0.31 -0.14 -0.55 0.82 -0.5 YFL011W -0.58 0.9 -0.7 -0.09 1.35 -0.06 YMR011W 0.44 0.1 -0.84 -0.54 -0.38 -0.14 YNL318C -0.07 -0.15 -0.01 -0.48 0.49 0.18 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Menadione; DIMENSIONS NCHAR=5; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C 0.06 -0.26 0.94 -1.5 1.26 YJR158W -0.3 0.79 -0.09 0.25 -0.29 YNR072W -0.32 0.39 0.6 -1.46 0.98 YEL069C -0.14 -0.06 0.19 -0.42 0.34 YHR094C 0.33 0.13 0.04 -0.44 -0.33 YDR345C -0.07 0.17 0.72 -0.11 -0.2 YHR092C -0.06 0.0 0.28 -0.14 0.86 YDR343C 0.16 0.18 0.29 0.38 -0.2 YDR342C 0.04 0.29 0.05 0.47 -0.02 YHR096C 0.08 0.02 0.4 -0.46 -0.22 YJL214W 0.0 0.19 0.47 -0.38 0.45 YLR081W -0.14 0.07 0.47 0.01 -0.1 YIL170W -0.15 0.08 0.28 -0.14 -0.62 YJL219W -0.49 0.42 0.03 -0.38 -0.64 YOL156W -0.34 0.16 0.22 -0.44 0.52 YFL011W -0.51 -0.25 0.33 -0.63 0.03 YMR011W -1.4 0.08 0.48 -0.76 -0.58 YNL318C 0.01 -0.1 0.08 0.07 -0.2 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Diamide; DIMENSIONS NCHAR=6; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C 0.12 0.26 0.36 0.25 -0.41 0.25 YJR158W 0.06 0.68 -0.02 0.23 -0.21 0.22 YNR072W 0.29 0.03 0.08 -0.39 0.07 0.17 YEL069C -0.07 0.31 0.24 0.18 -0.34 0.08 YHR094C -0.29 -0.16 0.3 -0.32 -0.09 0.27 YDR345C 0.58 -0.07 -0.03 -0.62 -0.53 0.22 YHR092C 1.19 -0.72 0.34 -0.75 -0.23 -0.26 YDR343C 2.4 0.26 0.01 -0.86 -0.76 -0.83 YDR342C 2.51 0.3 -0.15 -0.92 -0.84 -0.54 YHR096C 0.31 0.39 0.5 -0.09 -0.66 -0.27 YJL214W 0.57 0.18 0.23 -1.2 0.16 -0.04 YLR081W 0.91 0.21 -0.16 -0.59 -0.47 -0.13 YIL170W 0.66 0.15 0.23 -0.52 0.18 0.38 YJL219W 0.8 0.15 0.37 0.02 -0.33 0.23 YOL156W 0.83 0.18 0.3 -0.13 -0.41 0.53 YFL011W 0.6 -0.29 0.21 -0.48 -0.26 -0.14 YMR011W 0.7 -0.67 -0.21 -0.44 -0.32 -0.15 YNL318C 0.0 -0.07 -0.25 -0.26 0.83 -0.63 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Nitrogen_Deletion; DIMENSIONS NCHAR=7; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C 0.14 0.07 -0.3 -0.34 0.75 0.5 -0.3 YJR158W 0.56 0.35 -0.45 -0.45 0.69 0.38 0.18 YNR072W 0.49 -0.01 -0.38 0.04 -0.07 0.19 0.44 YEL069C 0.49 0.05 -0.38 0.0 0.72 -0.22 0.25 YHR094C -2.06 -0.06 1.2 0.16 1.39 -0.37 -1.82 YDR345C -1.18 0.47 0.33 0.16 1.03 -0.03 -1.57 YHR092C -0.7 0.16 0.26 -0.36 0.75 0.31 -1.39 YDR343C 0.02 -0.71 0.23 -0.23 1.28 0.13 -1.44 YDR342C 0.66 -1.0 0.17 -0.28 1.3 0.05 -1.3 YHR096C 0.19 -0.37 -0.18 -0.13 4.48 0.32 -0.59 YJL214W 0.16 -0.19 -0.37 -0.09 0.91 0.22 -0.6 YLR081W -1.12 0.36 0.2 0.0 0.89 0.2 -1.53 YIL170W 0.38 0.05 -0.37 -0.31 0.51 0.03 0.32 YJL219W 0.19 0.27 -0.31 -0.22 0.31 0.14 -0.2 YOL156W 0.64 -0.57 0.25 -0.5 0.69 0.01 -0.31 YFL011W -0.2 0.13 -0.1 -0.21 0.59 -0.33 -0.3 YMR011W 0.04 0.06 -0.22 -0.3 0.08 -0.75 -1.31 YNL318C -0.47 0.73 -0.66 -0.02 -0.42 -0.1 1.17 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE Sorbitol; DIMENSIONS NCHAR=6; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C -0.43 0.29 -0.03 0.2 -0.06 0.29 YJR158W 0.32 -0.09 -0.22 -0.01 0.46 0.41 YNR072W 0.28 -0.18 0.1 -0.1 -0.13 0.47 YEL069C 0.15 -0.21 0.02 0.16 -0.01 0.07 YHR094C 1.46 0.87 -1.29 0.68 -1.48 0.97 YDR345C -0.54 1.0 -1.55 2.31 -1.26 0.22 YHR092C 0.58 -0.41 -0.55 1.2 -0.92 -0.08 YDR343C -0.03 0.13 -0.81 1.94 -1.31 0.2 YDR342C 0.88 -0.08 -1.64 2.57 -2.02 0.52 YHR096C 0.79 1.59 -0.67 -0.3 -1.4 0.82 YJL214W 0.2 0.87 -0.95 1.09 -0.73 0.16 YLR081W 0.78 0.06 -1.16 1.07 -0.69 0.25 YIL170W -1.18 1.95 -0.81 0.52 -0.05 0.33 YJL219W 0.2 0.14 -0.59 0.46 -0.06 0.17 YOL156W 0.37 0.24 -0.88 0.57 -0.07 0.27 YFL011W -0.07 -1.11 0.29 0.86 -0.15 0.24 YMR011W -0.01 -0.05 -2.06 1.89 -0.48 0.49 YNL318C 0.46 -0.66 -0.16 0.39 0.03 -0.16 ; END; BEGIN CHARACTERS; TITLE YPD; DIMENSIONS NCHAR=7; FORMAT DATATYPE = CONTINUOUS; MATRIX YDL245C -0.14 0.42 1.23 -0.93 0.02 0.48 -0.07 YJR158W 0.79 -0.61 2.21 -0.8 0.74 -0.37 0.42 YNR072W 0.63 -0.12 0.4 -0.11 0.15 0.02 0.13 YEL069C -0.89 0.74 1.81 -0.1 -0.51 0.37 0.13 YHR094C -0.29 -0.6 0.38 -0.52 -0.61 -0.25 -0.17 YDR345C 0.2 0.64 -0.18 -0.81 -0.54 -0.91 0.17 YHR092C -0.25 1.01 0.21 -0.32 -0.89 -1.26 1.22 YDR343C 0.97 0.9 1.38 -1.51 -0.35 -0.77 0.1 YDR342C 1.42 0.36 2.06 -0.82 -0.64 -1.04 -0.64 YHR096C -0.25 0.07 4.42 1.4 -0.76 0.14 -0.02 YJL214W -0.06 0.22 0.26 0.35 -0.49 0.02 0.11 YLR081W 0.28 0.14 0.28 -0.05 -0.85 0.9 -0.38 YIL170W 0.25 -0.28 1.47 -0.55 0.27 0.3 -0.2 YJL219W -0.49 0.0 1.5 -0.7 -0.19 0.53 0.07 YOL156W -0.23 0.49 0.98 -1.8 1.87 -0.41 0.41 YFL011W -2.64 2.0 1.06 -0.35 -0.61 1.17 1.26 YMR011W -0.62 -0.98 -0.96 -0.91 0.0 -0.17 0.32 YNL318C -1.09 0.3 0.05 0.38 -0.89 0.03 1.15 ; END; BEGIN TREES; Title 'Trees from "18_1.tre"'; LINK Taxa = Hexose_Transport; TRANSLATE 1 YDL245C, 2 YJR158W, 3 YNR072W, 4 YEL069C, 5 YHR094C, 6 YDR345C, 7 YHR092C, 8 YDR343C, 9 YDR342C, 10 YHR096C, 11 YJL214W, 12 YLR081W, 13 YIL170W, 14 YJL219W, 15 YOL156W, 16 YFL011W, 17 YMR011W, 18 YNL318C; TREE MolecularClock = (18:1.578838,(((1:6.06E-4,2:6.06E-4):0.072772,(3:0.025124,4:0.025124):0.048254):0.611125,((((10:0.347502,((5:0.129344,6:0.129344):0.118533,(7:0.14837,(8:9.69E-4,9:9.69E-4):0.147402):0.099506):0.099626):0.051763,(11:0.349227,12:0.349227):0.050039):0.040549,(13:0.022669,(14:0.014112,15:0.014112):0.008558):0.417145):0.055414,(16:0.285948,17:0.285948):0.20928):0.189274):0.894335)[% ] [%unrooted = on ]; END;